Історія карантинної служби країни бере початок з 1931 року. Тоді в СРСР була створена єдина Державна карантинна служба і розроблене положення про карантинний контроль за ввезенням в країну сільськогосподарської продукції та живих рослин. Цього ж року була створена перша інспекція з карантину рослин в Українській Республіці (при Одеському морському порту).
Наприкінці 1932 року в Чернігові була створена обласна Державна інспекція з насіннєвого контролю і карантину сільськогосподарських рослин, яка працювала до окупації німцями Чернігівщини. Також у 1932 році, згідно архівних даних, були створені державні інспекції з карантину рослин по Київській та Дніпропетровській областях.
Карантинна служба Автономної Республіки Крим - одна з найстаріших у колишньому СРСР. У 1934 році створена карантинна інспекція з лабораторією і чотири карантинних пункти при наркомі землеробства Кримської АРСР. Але карантинні заходи на Кримському півострові здійснювались ще задовго до створення Української РСР та Кримської АРСР.
Як відомо, в 60-х роках XIX сторіччя з Америки була завезена виноградна філоксера, яка виявилась найнебезпечнішим шкідником виноградарства Європи. В 1880 - 1886 роках філоксера була виявлена в деяких районах України, в тому числі на Південному березі Криму. В результаті 16 річної роботи (1881— 1896) вогнища філоксери в Криму були знищені. Завдяки карантинним заходам, територія Криму залишалась вільною від філоксери понад 60 років, нові вогнища шкідника були виявлені лише в 1962 році.
Після розпаду СРСР, у 1991 році, в Україні була створена Державна служба карантину рослин, яка підпорядковувалась Міністерству аграрної політики України. В країні було 27 державних (з них 15 прикордонних) інспекцій по карантину рослин, а саме - 24 в обласних центрах, у містах Києві (1) і Севастополі (1), і в Автономній Республіці Крим (1). При морських і річкових портах, пристанях, на залізничних станціях, в аеропортах, на аеродромах, на підприємствах поштового зв'язку, автомобільних дорогах, автовокзалах, автостанціях, пунктах пропуску на державному кордоні діяли 189 прикордонних пунктів по карантину рослин; 221 районних і міжрайонних пунктів по карантину рослин; 13 обласних фумігаційних загони; 7 зональних і 7 обласних карантинних лабораторій.
Офіційною ж датою створення національної служби з карантину рослин вважається 30 червня 1993 року, коли Верховна Рада прийняла Закон України «Про карантин рослин».
У 2010 році Указом Президента України від 09.12.2010 року №1085/2010 створена Державна ветеринарна та фітосанітарна служба України (Держветфітослужба). В 2012 році були створені територіальні органи Держветфітослужби - це Головна державна фітосанітарна інспекція, Державна фітосанітарна інспекція АР Крим, 23 Державних фітосанітарних інспекцій в областях. Утворені тероргани виконували функції в сферах карантину і захисту рослин, покладені на Держветфітослужбу.
На сьогоднішній день Держветфітослужба реорганізована в Державну службу України з питань безпеки харчових продуктів і захисту споживачів.
Держпродспоживслужба утворена відповідно до постанови КМУ від 10 вересня 2014 року № 442 «Про оптимізацію системи центральних органів виконавчої влади».
Відповідно до розпорядження Кабінету міністрів України від 6 квітня 2016 року № 260-р «Питання Державної служби з питань безпечності харчових продуктів та захисту споживачів» Держпродспоживслужба офіційно розпочала роботу і приступила до виконання функцій.