1. Керівництво
2. Департамент безпечності харчових продуктів та ветеринарної медицини
3. Департамент фітосанітарної безпеки та контролю в рослинництві
4. Департамент захисту споживачів та контролю за регульованими цінами
6. Управління контролю на державному кордоні
7. Управління правового забезпечення
9. Управління міжнародного співробітництва, торгівлі та євроінтеграції
10. Управління бухгалтерського обліку та фінансової звітності
11. Управління економічної діяльності
12. Управління адміністрування електронного документообігу
13. Управління цифрового розвитку, цифрових трансформацій і цифровізації
14. Управління організаційного забезпечення діяльності служби
15. Управління планування заходів державного нагляду (контролю) та координації діяльності
16. Відділ координації діяльності установ
17. Відділ внутрішнього аудиту
18. Відділ господарського забезпечення
19. Сектор взаємодії з громадськістю та ЗМІ
21. Сектор з питань запобігання та виявлення корупції
22. Сектор нагляду і реєстрації сільськогосподарської техніки
24. Сектор з питань мобілізаційної роботи та цивільного захисту