1. Керівництво
2. Департамент безпечності харчових продуктів, ветеринарної медицини та контролю у сфері органічного виробництва
3. Департамент державного нагляду (контролю) за дотриманням санітарного законодавства, санітарного та епідемічного благополуччя населення
4. Департамент фітосанітарної безпеки, контролю в сфері насінництва, розсадництва та якості зерна
5. Департамент захисту прав споживачів та контролю за регульованими цінами
6. Департамент правового забезпечення
7. Департамент з управління персоналом та організаційного розвитку
8. Департамент з міжнародних комунікацій, внутрішніх та зовнішніх зв'язків
9. Департамент управління фінансами та економічної діяльності
10. Управління державного контролю на кордоні
11. Департамент адміністративного управління
12. Управління цифрового розвитку, цифрових трансформацій і цифровізації
13. Відділ внутрішнього аудиту
14. Організаційно-розпорядчий відділ
15. Відділ з питань запобігання та виявлення корупції
16. Сектор координації діяльності територіальних органів
17. Сектор закупівель
18. Сектор оцінки ризиків
19. Сектор з питань мобілізаційної роботи та цивільного захисту
20. Головний спеціаліст з режимно-секретної роботи