1. Керівництво

2. Департамент безпечності харчових продуктів та ветеринарної медицини

3. Департамент контролю в сферах насінництва та розсадництва, карантину та захисту рослин, за якістю зерна

4. Департамент захисту прав споживачів та контролю за регульованими цінами

5. Департамент правового забезпечення

6. Департамент з управління персоналом та організаційного розвитку

7. Управління державного нагляду за дотриманням санітарного законодавства

8. Управління контролю на державному кордоні

9. Департамент міжнародного співробітництва, торгівлі та комунікацій

10. Управління бухгалтерського обліку та фінансової звітності

11. Управління економічної діяльності

12. Управління діловодства та архівного зберігання

13. Управління цифрового розвитку, цифрових трансформацій і цифровізації

14. Управління організаційного забезпечення діяльності служби

15. Відділ внутрішнього аудиту

16. Відділ господарського забезпечення

17. Відділ закупівель

18. Сектор з питань запобігання та виявлення корупції

19. Сектор з питань захисту інформації

20. Сектор нагляду і реєстрації сільськогосподарської техніки

21. Сектор оцінки ризиків

22. Сектор з питань мобілізаційної роботи та цивільного захисту

23. Головний спеціаліст з режимно-секретної роботи