1.    Керівництво

2.    Департамент безпечності харчових продуктів, ветеринарної медицини та контролю у сфері органічного виробництва 

3.    Департамент державного нагляду (контролю) за дотриманням санітарного законодавства, санітарного та епідемічного благополуччя населення

4.    Департамент фітосанітарної безпеки, контролю в сфері насінництва, розсадництва та якості зерна

5.    Департамент захисту прав споживачів та контролю за регульованими цінами

6.    Департамент правового забезпечення

7.    Департамент з управління персоналом та організаційного розвитку

8.    Департамент з міжнародних комунікацій, внутрішніх та зовнішніх зв'язків

9.    Департамент управління фінансами та економічної діяльності

10.    Управління державного контролю на кордоні

11.    Департамент адміністративного управління

12.    Управління цифрового розвитку, цифрових трансформацій і цифровізації

13.    Відділ внутрішнього аудиту

14.    Організаційно-розпорядчий відділ

15.    Відділ з питань запобігання та виявлення корупції

16.    Сектор координації діяльності територіальних органів

17.    Сектор закупівель

18.    Сектор оцінки ризиків

19.    Сектор з питань мобілізаційної роботи та цивільного захисту

20.    Головний спеціаліст з режимно-секретної роботи