Мета діяльності Відділу внутрішнього аудиту – сприяння Голові Держпродспоживслужби в досягненні поставлених цілей шляхом проведення незалежних, заснованих на оцінці ризиків та об'єктивних аудиторських досліджень, а також здійснення аудиторського консультування.
Основні повноваження Відділу внутрішнього аудиту – проведення внутрішніх аудитів та надання Голові Держпродспоживслужби:
1) за результатами аудиторських досліджень – незалежних та об'єктивних рекомендації щодо: удосконалення процесів системи управління, управління ризиками та внутрішнього контролю, а також підвищення ефективності діяльності Держпродспоживслужби;
2) за результатами аудиторського консультування – консультації, бачення діяльності, прогнозування.